Poi prosegue per la Palestina.
Intanto l'Ordine ebbe i suoi primi martiri, uccisi in Marocco. Nel 1220 il Poverello tornò iad Assisi, avvisato da un certo frate Stefano circa l'eccessivo rigorismo introdotto nell'Ordine durante la sua assenza da frati fanatici della Regola. Ma i suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità fecero presa già su molti, decretando l'affluire di nuovi frati. Nello stesso anno iniziò un nuovo ciclo di predicazioni nell'Italia Centrale e quindi nuovi viaggi al sud e al nord della penisola. A Fontecolombo, nei pressi di Rieti, redisse una nuova Regola sulla base della Vecchia, ma con l'aggiunta di altri testi evangelici, tra i quali il celebre Capitolo delle stuoie, così chiamato perché i frati si accamparono intorno alla Porziuncola a gruppi, dormendo per terra e riparandosi dal sole e dalle intemperie con dei graticci di canne e foglie.
Il primo Presepe a Greccio
Dopo qualche tempo Francesco si recò a Greccio, un paesello della valle Reatina, andato per pregare indisturbato in una piccola cella costruita sulla roccia, e dovendo celebrare con i suoi frati le feste Natalizie, fece preparare in anticipo una mangiatoia con fieno e paglia ed accanto vi condusse un bue ed un asinello. Durante la notte della festività, con l'aiuto di un certo Giovanni Velita, approntò la prima rappresentazione della Sacra Famiglia, deponendo tra il bue e l'asinello una statuetta del Bambino Gesù, mentre le genti dei paesi vicini accorrevano incuriositi.

Le Stigmate sul Monte della Verna

(Canzone:"Laudato Sii")

Nel 1224 Francesco salì sul Monte della Verna per festeggiare la festa di San Michele Arcangelo con una quaresima di preghiere e penitenze. Entrato nella chiesetta degli Angeli insieme a Frate Leone aprì, per tre volte il libro dei Vangeli posto sull'Altare, e per tre volte si trovò sotto gli occhi il Versetto del Cammino di Cristo verso alla sua Passione dolorosa., segno questo, del cammino che di li a poco avrebbe affrontato anche il Fraticello. Infatti, la sera della festa dell'Assunta, prima di ritirarsi a vivere la quaresima di San Michele nella sua celletta, Francesco ordinò ai suoi frati, eccetto Frate Leone di non avvicinarsi più alla sua cella. Il 14 settembre giorno della Glorificazione della Croce, Francesco ebbe una visione: un uomo misterioso con sei ali, come un serafino stava sopra lui con le mani distese, i piedi uniti confitto alla Croce; in quell'istante Francesco, provò sulla sua carne gli stessi segni della Passione di Cristo e riceve le stimmate, segno di Cristo e della santità. Nello stesso istante le genti, nei dintorni della Montagna ebbero l'impressione che la foresta che ricopre le pendici del Monte bruciasse. Finita la quaresima di San Miscele, Francesco si rivela ai suoi frati, tenendo da quel momento fino alla morte (che avverrà due anni più tardi) i Segni della Passione sul suo corpo, anche se a pochi ebbero l'onore di vedere i Segni della Sua Santità. Sceso dalla Verna, Francesco tornò alla Porziuncola, ma ormai era stanco ed ammalato. Le predicazioni l'avevano provato fuori misura, al punto di non poter più camminare, ma facendosi trasportare da un asinello. Nel 1225 tornò ad Assisi, afflitto da una grave forma di oftalmia agli occhi. Dopo essere stato per un periodo a Rieti a farsi curare, nonostante la sua riluttanza ai privilegi, da un noto medico pagato dal cardinale Ugolino. Fu durante questo soggiorno , secondo molti studiosi, che compose il Cantico delle Creature, ispirato dall'impossibiltà di non poter vedere la luce del sole durante il giorno e quella del fuoco nella notte. Ormai allo stremo delle forze venne curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle, ed in loro onore compose una "Laude". Dopo breve tempo il Frate tornò a Rieti per una operazione, che non ebbe successo, anche per il progressivo indebolimento fisico, dovuto ad attacchi allo stomaco ed al fegato. Sentendo prossima la fine terrena ordinò di essere trasportato alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli, luogo di irradiazione del suo messaggio, dove venne visitato da un medico che ne pronunciò la sentenza di malato incurabile, alla cui Francesco rispose: "Ben venga Sorella Morte!". Gli ultimi giorni li trascorse a Santa Maria degli Angeli recitando inni di Lode al Signore, e lasciando come testamento Spirituale le parole:"Amatevi tra di Voi come vi ho sempre amato. Osservate nostra Signora Santa Povertà. Siate sottomessi a tutti ed amate i poveri ed i sofferenti". La sera del 3 ottobre 1226 Francesco morì all'età di 44 anni.Il 16 luglio di due anni dopo veniva dichiarato Santo.